Ist plötzlich innerhalb einer Population ein uneingeschränkter Genfluss nicht mehr möglich, sprich es wird eine Teilpopulation vom Genpool abgeschnitten (nicht mehr am genetischen Austausch beteiligt), spricht man von Isolation. Isolation gilt heute als ein wichtiger Evolutionsfaktor, der den evolutionären Prozess vorantreibt.
Von geografischer Isolation spricht man dann, wenn der Genfluss innerhalb der Ursprungspopulation durch räumliche Trennung von einzelnen Teilpopulationen unterbrochen wird. Alleine aufgrund geografischer Gegebenheiten sind die Individuen der Teilpopulationen nicht mehr in der Lage sich untereinander Fortzupflanzen. Ein Beispiel für geografische Isolation ist beispielsweise die Besiedlung von Inseln durch einzelne Gründerindividuen einer ursprünglich auf dem Festland lebenden Ursprungspopulation. Die durch die Gründerindividuen gegründete Population kann durch das Hindernis Wasser keinen Genaustausch mit der Ursprungspopulation betreiben.
Bestimmte Individuen einer Population beschränken ihre Reproduktion auf bestimmte Individuen der Gesamtpopulation.
Gibt es in einem Lebensraum viele verschiedene ökologische Nischen kann es passieren, dass sich die Individuen einer Art unterschiedlich einnischen, sprich unterschiedliche Nischen besetzen. Die unterschiedliche Einnischung führt schlussendlich dazu, dass sich Individuen einer Art nur noch mit Individuen fortpflanzen, die die selbe ökologische Nische besetzen.
Wird eine Ursprungspopulation durch geografische Isolation in zwei Teilpopulationen aufgespalten sodass kein Genfluss mehr stattfinden kann, so spricht man von sogenannter allopatrischer Artbildung. Die Genpools der beiden Teilpopulationen entwickeln sich fortan unterschiedlich, da in den geografisch isolierten Habitaten unterschiedliche Selektionsfaktoren wirken (unterschiedliche Umweltfaktoren) und deshalb zufällig auftretende Mutationen unterschiedlich erfolgreich weitervererbt werden, ohne dass die isolierte Teilpopulation Zugang zu diesen genetischen Variationen hat. Somit driften beide Genpools über die Zeit genetisch voneinander weg bis sich die genetische Information derart unterscheidet dass von unterschiedlichen Arten gesprochen werden kann.
Durch Zufall gelangten einige Exemplare einer Finkenart auf die geografisch sehr isolierten Galapagosinseln. Dort fand die nun von der Ursprungspopulation isolierte Teilpopulation eine andere Umwelt vor, als die in der die Ausgangspopulation lebt. Somit wirkten auf die Teilpopulation andere Selektionsfaktoren ein, als auf die Ausgangspopulation. Da lediglich ein kleiner Teil der Allele der Ursprungspopulation in die Teilpopulation mitgenommen wurde (Gründereffekt) ist der Genpool beschränkt. Zufällige genetische Mutationen dieser einzelnen Individuen werden umgehend auf die Gesamtpopulation übertragen. Die Teilpopulationen unterscheiden sich genetisch zunehmend. Man spricht von allopatrischer Artbildung. Zusätzlich fanden die Finken auf den Galapagosinseln ein Habitat mit dutzenden bisher unbesetzten Nischen vor. Durch Besetzung dieser Nischen kam es zur ökologischen Isolation, und es gingen dutzende zunächst Unterarten aus der ursprünglichen Teilpopulation hervor.
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